W pojedynczych odczytach sekwencjonowany jest tylko jeden koniec fragmentów kwasu nukleinowego. W odczytach ze sparowanym końcem fragmenty kwasu nukleinowego są najpierw sekwencjonowane z jednego końca, a następnie z drugiego końca. Umożliwia to generowanie wysokiej jakości danych sekwencji. W zależności od aplikacji odczyty sparowane zwykle nie nakładają się. Odczyty ze sparowanymi końcami można wykorzystać do oszacowania rozmiaru fragmentu i poziomu duplikacji biblioteki. Ponadto sekwencjonowanie odczytów sparowanych umożliwia wykrycie rearanżacji genomu i powtarzalnych elementów sekwencji, a także fuzji genów i nowych transkryptów.

Przeprowadzamy ścisłą kontrolę jakości na każdym etapie, od przygotowania próbki do analizy danych. W przypadku części mokrej laboratorium sprawdzimy stężenie próbki RNA / DNA za pomocą Nanodrop i jej integralność za pomocą Bioanalizatora / Tapestation. Następnie po zbudowaniu biblioteki sprawdzamy jej stężenie za pomocą Qubit i rozmiar za pomocą Bioanalyzera / Tapestation. W analizie danych sprawdzamy jakość surowego pliku fastq, usuwamy adapter i przeprowadzamy filtrowanie odczytów słabej jakości. Wygenerujemy szczegółowe statystyki mapowania oraz rozkład odczytów w rRNA, intronach, eksonach i regionach międzygenowych dla RNA-Seq. Dla usługi WES zostaną dostarczone m.in statystyki pokrycia i poziom duplikacji. Wszystkie dokumenty kontroli jakości zostaną wysłane do klienta.

Zapewniamy możliwość kompleksowej analizy danych dla wszystkich realizowanych usług. Posiadamy doświadczony zespół bioinformatyczny, który wielokrotnie analizował dane pochodzące z sekwencjonowania RNA-Seq, WES i WGS.

Zapewniamy możliwość usługi analizy danych dostosowaną do indywidualnych potrzeb klienta. W zależności od rodzaju i natury projektu zapewniamy możliwość przygotowania wyników w formie gotowej do publikacji.

Średnio czas realizacji wszystkich usług sekwencjonowania wynosi około 4 tygodnie,analiza danych wymaga kolejnych 2-3 tygodni. Zapytaj o czas realizacji, aby uzyskać bardziej szczegółowe informacje.

Nie potrzeba specjalnego oprogramowania. Dane zostają dostarczone w skompresowanych formatach .fastqc, .bam, .vcf, bądź inne w zależności od rodzaju analizy, natomiast raporty jakości dla poszczególnych analiz w formacie .html. Do przeglądania raportu nie jest potrzebny dostęp do internetu.